『2015年、覇者の国の星が消える』・・・あの『未来記』第九の予言が現実のものとなった。テレビから流れる緊急ニュースを緊張の面持ちで見る轟日見子（高梨臨）と古澤尊史（豊原功補）。アメリカは既に第九の予言を知っていた。しかし予言を変えることはできなかった。ついに『未来記』が動き始めた・・・。

富士山の麓、青木ケ原樹海で無惨に焼けただれた遺体が発見された。身元はアメリカ文化交流センターの代表・ケヴィン・ハーディングの秘書、ロジャー・ウイリアムスと判明。そしてロジャーの遺体の傍らにあったアタッシュケースから、再び『未来記』の切れ端が見つかった。そこに書かれていた予言とは・・・。

ケビンの行方を調べるため、外務省北米局の外交官・矢崎（森本レオ）を尋ねた加々美稜真（成田凌）と日見子。手を尽くして捜しているが何の手がかりもないという矢崎だったが、彼の口から不思議なことを聞く。アメリカは今、人間の脳の細胞を模倣した技術、ディープラーニングの研究に莫大な資金を注いでいる。そしてある日本人科学者が密かに注目を集めているという。その日本人科学者が、日見子であることは、疑う余地がなかった。

青木ケ原樹海を捜査する稜真、日見子、そして古澤。日見子は崩れかけた廃寺の柱に秦氏の紋章が刻まれているのを発見する。『未来記』を狙うアメリカ、そしてそれを阻もうとする秦氏の本拠地はこの廃寺だったのか？その時、一人の男が稜真たちの前に現れる。「やっと辿り着いたな」その男の名は、東儀秀継（渡辺裕之）、HIDEを統括指揮する立場にある警視総監、まぎれもなく、その人であった。

ついに東儀は語り始めた。闇に葬られたはずの真の歴史、その鍵となる『未来書』の謎。 そして、『未来書』の最終章に記された驚愕の予言。稜真、日見子、古澤はそれぞれの使命を果たすため、最後の戦いに挑む。