東京の西部にある巨大な発電所。煌々と発電を続けるこの発電所の電気が突然に落ちた。西東京一帯の電気が次々と消えていく。夕闇の中、異様に静まり返る発電所。そこには黒焦げになった男性の遺体が横たわっていた。

HIDE（秘匿事件課）では、いつものように加々美稜真（成田凌）と轟日見子（高梨臨）がやり合っていた。部屋の隅でテレビのニュースが西東京発電所の事件を伝えている。自分の能力をなかなか認めてくれない稜真にイライラを隠せない日見子。自分の存在を確かめるように検索サイトに自分の名前を打ち込んでみる。するとアメリカの科学技術研究所のホームページがヒットした。そこには有名なアメリカ人研究者のインタビューが掲載され、日見子の人工知能に関する論文について触れられていた。歓喜した日見子は突然HIDEを辞めると言い出し帰宅しようとする。その時、古澤尊史（豊原功補）の携帯が鳴った。「発電所でもう一体死体があがった」

事件現場を訪れた稜真たちを待っていたのは、全身黒焦げで顔の判別すらできない無惨な遺体だった。嗚咽する日見子の傍らで何かの破片のようなものに気づく稜真。躊躇しながらも遺体に歩み寄り、意を決して触れる。脳に激しい電流が走りフラッシュバックが駆け抜ける。そしてまた、鼓動のようなカウントダウンが始まる。

文殊（津川雅彦）博士の報告によると、二つの遺体の死因は感電死だと分かった。単なる事故だと日見子は主張するが、被害者の自宅が何者かに荒らされていたことを知ると荷物を持って出て行こうとする。古澤に行先を聞かれ、被害者の家だと答える日見子。残された稜真に「手放すには惜しい存在だ」と文殊は告げるが、「あいつにはあいつの人生があります」と稜真。「そうはいかないんだ、稜真」二人のやりとりを聞いていた古澤の口から思わぬ事実が語られる。

二人の被害者の自宅から、ある人物の写真や資料が発見された。稜真によると150年ほど前に日本にやってきた学者だという。その学者の名は、「アーネスト・フェノロサ」。さらに事件現場で稜真が発見した破片は15世紀のインカ帝国のものだと分かった。次々に明らかになる驚愕の事実。そして日見子に忍び寄る魔の手。タイムリミットが近づくなか、稜真は闇に葬られた真の歴史に迫ろうとしていた。それは、ある「予言書」の存在だった。