幽霊井戸と呼ばれる古井戸の奥に、男の遺体が横たわっている。上半身は爆発で吹き飛ばされたように崩壊し、顔すら識別できない。かつては鼓動を打っていたであろう部分には議員バッチが、そして遺体の傍らには古びた『黄金のリング』が落ちていた。

古澤尊史（豊原功補）と共に現場に訪れた加々美稜真（成田凌）は首をかしげる捜査一課の面々を乱暴に押しのけ遺体に歩み寄る。稜真に掴みかかろうとする若い刑事を古澤が制する傍らで遺体に触れる稜真。その瞬間、脳に激しい電流が走り３つのイメージが脳裏を駆け抜ける。しかしそれは、脳のシナプス暴発へのカウントダウンの始まりでもあった。

東都大学先端科学研究所の一室。轟日見子（高梨臨）は失意の中にいた。暗闇の中、唯一光を放つテレビ画面からは日本人科学者の偉業達成のニュースが流れている。人工知能の研究が評価され東都大学先端科学研究所の西ノ森秀樹（佐野史郎）教授がノーベル賞を受賞したという。日見子は長年愛用してきた「呪いのノート」を開き、その科学者の名を新たに書き込んだ。

幽霊井戸の遺体がもっていたイメージ（残留思念）を読み取った稜真は、手掛かりを求め古澤と共に日本民俗博物館を捜査する。次々にイメージを発見し、カウントダウンを停止させることに成功した稜真だったが、捜査中にまたしても不可解な事件に遭遇し、謎はますます深まっていく。

稜真の捜査方法に危険を感じた警視総監はHIDE（秘匿事件課）に新たな捜査員を派遣する。実証的な科学を使いこなせる人材として白羽の矢が立てられたのは、自分の理論を西ノ森教授に盗まれ失意の中にいた先端科学の天才、日見子だった。

怪しげな洋館「考古学研究所」の中にHIDEはあった。戸惑う日見子にHIDEの組織やここ数日に起きた不可解な事件について説明をする古澤だったが、その一つ一つに科学的な反論を繰り返す日見子。挙句の果てに稜真と口論となり、ただのオカルト集団だと日見子があきれ果てているところにHIDEを支える考古学の権威、文殊（津川雅彦）博士が現れ、幽霊井戸の遺体の傍らに落ちていた『黄金のリング』の謎が明かされる。そんな最中、古澤の携帯が鳴った。またしても幽霊井戸で死体が上がったという・・・。

幽霊井戸で上がった２体目の遺体から稜真が読み取ったイメージには思いも寄らぬものが含まれていた。『鉤十字（ハーケンクロイツ）』。この事件にはナチスドイツが関係しているというのか？

再び日本民俗博物館を訪れた稜真、そして日見子。フラッシュバックと考古学の知識を頼りに捜査をする稜真に対し、先端科学の知識で捜査をする日見子。まるで噛み合わない二人だったが、思いも寄らぬ「歴史の真実」を少しずつ解明していく。しかし、捜査の経過と共に稜真の体は限界に近づいていく。苦しむ稜真を不審に思う日見子。そんな日見子に古澤と文殊は稜真のもつ力には常に危険が伴う事、そして20年前、稜真の目の前で父・加々美稜一（仲村トオル）が殺されたことを告げる。