再開発が進む渋谷。建設中のタワーマンションの地下工事現場から人型の棺に納められた若い女性の遺体が発見された。体を包帯でぐるぐる巻きにされ、両手は胸の前で組まれている。驚いたことに、その遺体の女性は、まるで生きているかのようだった。

考古学研究所の一室。HIDE（秘匿事件課）に置かれたテレビは、女性の遺体を発見した二人の作業員がインタビューに答える姿を映し出していた。作業の手を止め、轟日見子（高梨臨）や古澤尊史（豊原功補）とともに画面を見つめる加々美稜真（成田凌）。不可解な事件に言葉が出てこない。この数時間後、テレビに映る二人の作業員が、女性の遺体が発見された工事現場で謎の死を遂げることを、まだ誰も知らない。

「まるでファラオの呪いだ」。作業員の死を報じるニュースを見た稜真の言葉に「そんなのないです」と相変わらず冷めた対応の日見子だったが、そこに現れた文殊（津川雅彦）博士から「科捜研に運ばれた遺体の写真だ」と見せられた写真に思わず絶句してしまう。そこに写っていたのはミイラ化した女性の遺体だった。発見時はまるで生きているかのようだったというのに・・・。

鑑定の結果、その女性の遺体は1500年前のものだということが分かった。もし発見者の言葉が真実だとしたら、その遺体は1500年もの間、生きたままのような状態だったということになる。科学的にそんなことはあり得るのか？1500年もの間、まるで生きているかのように遺体を保存する方法はあるのか？「ありません」。日見子は断言する。科学的に不可能なことならば、方法は一つしかない。「ピラミッドパワーだ」。文殊博士は生物の腐敗を防ぐ力があると言われているピラミッドが今回の事件に深く関係していると考えていた。しかし科学的根拠がない。「仮にそうだとしても、エジプトから持ってきたっていうんですか？」と反論する日見子。ところが稜真の口から驚愕の事実が語られる。「ピラミッドが存在したのはエジプトだけじゃない。この日本にもかつて存在したと言われている」

二人の作業員が勤めていた建設会社の地下駐車場。古澤や日見子とともに捜査に訪れた稜真は黒塗りの車の行く手を阻み、中から飛び出してきた建設会社社長を尋問する。「何も知らない」と言いながらも動揺を隠せない男。執拗に問いただす稜真に気圧された社長の口から思いも寄らぬ言葉が発せられる「次は俺だ。俺がやられる！」

タワーマンションの建設現場。稜真たちの前にはスーツ姿の男の遺体があった。先の作業員二人と同じように無惨な姿をしたその遺体は、地下駐車場で尋問した、まさにあの社長のものだった。躊躇しながらも遺体に歩み寄る稜真。稜真の力とその力に伴った危険を知る日見子は止めようとするが、稜真は意を決して遺体に触れる。脳に激しい電流が走る。脳裏を駆け抜ける３つのイメージ。フラッシュバックだ。そしてまた、鼓動のようなカウントダウンが始まる。

タイムリミットは約７２時間。それまでに３つのイメージに触れなければ稜真の命はない。果たして日本にピラミッドは存在するのか？それは一体どこなのか？葬られたはずの真の歴史が動き出そうとしている。