今から20年前。加々美稜真（成田凌）が5歳のとき、目の前で父・稜一（仲村トオル）が殺されるのを目撃。父の遺体に触れたとき、突然、謎のイメージが脳内に浮かんだ。それ以来、遺体や遺品に触るとその死者の魂がもっていたイメージ（残留思念）が浮かぶようになった＝「フラッシュバック」。ただし、そのイメージを実際に72時間以内にみつけて触れなければ、彼の脳のシナプスが暴発し、死亡する。

稜真は、かつて父親と同じ考古学者を目指したが、偶然フラッシュバックの現場を目撃した古澤刑事（豊原功補）にスカウトされた。現在、古澤は原因不明の猟奇事件を追う「HIDE（ハイド）＝Hidden Incident Department　秘匿事件課」の刑事。この部署は、異常な犯罪に対し、非科学的・非実証的な稜真の「フラッシュバック」を使い世間に公表できないような捜査を行う警視庁内でも極秘の組織で、かつて稜真がいた考古学研究所の一室に隠れるように設立された。だが、組織に従わず、直観で捜査を行う稜真には多大な危険が・・・。

そこで、新たに「HIDE」に実証的な科学を使いこなせる人材を加えよ、と命令が下る。候補にのぼったのは…ノーベル賞を受賞した東都大学先端科学研究所のひとりのあか抜けない研究員・轟日見子（高梨臨）。実は先端科学の天才だった。華やかなノーベル賞の舞台で受賞した西ノ森英機教授（佐野史郎）の研究は、日見子のものだったのだ。

まるでかみ合わない二人だったが、次第に稜真の「フラッシュバック」を日見子が先端科学で実証的に解決する「バディ」ができあがる。毎回、難事件の裏にひそむ「歴史の真実」を巧みに暴き、人類の終末を記したというある「予言書」の謎へと巻き込まれていく・・・。