「おばあちゃんの原宿」といわれる巣鴨を舞台に、小さな神社で起きた花婿殺人事件とそれにまつわる女性殺人事件を追う巫女（みこ）の姿を描きながらレトロな町の人々のぬくもりを伝えていく。
巫女の京子（泉ピン子）と神主の父、明仁（植木等）の仕える巣鴨の小さな神社へ、長野の家を飛び出した姪のユカ（高橋由美子）が転がり込む。京子は巫女のせいか、40を過ぎた今も独身。タウン誌の編集長でもある。地蔵通りには大叔母の泰代（野村昭子）が純喫茶の店を開いている。日曜日、老舗の料亭「森七」の店主・和彦（加藤久雅）と美月（越智静香）が神前結婚する。その三献の儀の際、お神酒を飲んだ二人が倒れ、和彦が死んでしまう。
通夜の翌日、美月は京子に故郷の九十九に帰る気持ちを伝える。その夜、京子は事件当日、社務所にいた千鶴子（八木小織）に出会うが、その千鶴子も殺される。美月には元森七の店員、篠崎（津久井啓太）という男がストーカー行為を働いているが、その篠崎も捕まり、泰代をはじめとした商店街の店主たちも喜ぶ。
篠崎の犯行を推理した京子は、つじつまの合いすぎることに疑問を抱く。
そして美月のゴミに和彦と美月の姉とのツーショットの破かれた写真を見つけ、「見落としたのかも」と九十九里の美月のもとへと向った…