麦わらの一味は魚人島を出港し、ついに「偉大なる航路」後半の海「新世界」に突入する。ルフィたちが新世界で最初に上陸したのは、灼熱の地と極寒の地に分断された異常な島「パンクハザード」。そこでルフィは、頂上戦争で命を救われた恩人であるトラファルガー・ローと再会する。ルフィは、新たに七武海の一員となっていたローと海賊同盟を結び、四皇“百獣のカイドウ”を倒すための作戦を開始する。ローの策に従い、ルフィたちは、パンクハザードを根城にする元政府の科学者シーザー・クラウンの誘拐に乗り出す。スモーカー率いる海軍G-5と一時共闘することになったルフィたちだが、シーザーが生み出した大量殺戮兵器「シノクニ」とシーザーと手を組む闇の仲買人ドンキホーテ・ドフラミンゴが送り込んだ刺客の魔の手が迫る。