海軍大将青キジに完全に敗北したルフィ。命からがら逃げ延びたが、己の力のなさを痛感するのであった。
さらなる強さを目指し、麦わら海賊団の冒険は続く。これまでの冒険を共にしてきた海賊船ゴーイングメリー号、数々の冒険によりそのボディはボロボロになってしまっていた。メリー号を修復するために彼らがたどりついたのは船大工が集まる造船の島、ウォーターセブン。島一番の造船会社、世界政府御用達ガレーラカンパニーにはただの船大工ではない、一癖も二癖もある面々がそろっていた。
そして、彼らはゴーイングメリー号がもはや修復不可能だということを告げられる。その事実によって、ルフィとウソップとの間に大きな確執が生まれてしまい、ふたりは決闘でけりを付けることに…。そして、ガレーラカンパニーに裏切り者が？不穏な空気がウォーターセブンの街を包み始めていた…。