東京は世界一のミステリーシティー。そんな東京で、謎の「殺人事件」が発生。上半身が溶けた死体、真っ黒に焼かれた死体など、前代未聞の猟奇殺人事件が起こる。この殺人事件の裏には、闇に葬られたはずの「真の歴史」が隠されていた。その鍵となるのは、世界を震かんさせる内容が記された、ある「予言書」だった・・・。

第一話「ヒトラーの野望」

20年前、何者かによって殺された稜真の父。その体に触れた瞬間、稜真の脳裏に謎のイメージが浮んだ。それは『謎の文字が記された古文書』だった。

突然の発火で焼け死んだ日本民俗博物館の館長の胃袋から古文書らしき文書の破片が見つかった。

考古学研究所のデータベースの中から館長の胃袋から出てきた古文書に使われた文字と同じ文字が発見された。それは20年も前に持ち込まれた研究資料だった。そして、それを持ち込んだのは稜真の父だった。

第二話「謎のピラミッド」

稜真の父が、20年前に持ち込んだ古文書の現物と館長の胃袋からでてきたものを、放射性炭素年代測定にかけてみたところ、1400年ほど前の全く同一のものであることが実証された。さらに二つの文章を並べてみたところ、はっきりとはわからないが、ある意味が読み取れた。

「千と三百九十七の後、それは瞬く間に分かれ、雷となり、一対の龍を倒す。その雷は、百七十と五・・・」

渋谷の地下から掘り出された聖櫃の中から同じ書体の長文の古文書が発見された。先の二つの古文書と合わせてみると途中で切れていた文章が繋がった。

「千と三百九十七の後、それは瞬く間に分かれ、雷となり、一対の龍を倒す。その雷は、百七十と五、そして十と一」

日見子は百七十五と十一はユナイテッド航空175便とアメリカン航空11便、つまりニューヨークの世界貿易センタービルに突っ込んだ飛行機のフライトナンバーではないかと閃いた。

第三話「終末の予言書」

奈良で出土した『十七条の憲法』の原文の素材と今までに見つかった三つの古文書の素材が完璧に一致した。これにより古文書が書かれたのは西暦604年と判明した。古文書は全部で八つの章からなっていた。

第一章「八百と八十八の後、荒ぶる魂の船、西方への野心の果て、覇者の国へ至る」
（1492年、コロンブス、新大陸発見）

第二章「千と十六の後、新たなる神の地を求めし者たち、覇者の国に錨（いかり）を下ろす」
（1620年、メイフラワー号で清教徒がアメリカに渡る）

第三章「千と百七十二の後、互いに遍く（あまねく）栄光あり、覇者の国、西方より立つ」
（1776年、アメリカ独立宣言）

第四章「千と二百四十九の後、覇者の国より来たりし大熊、日出づる国の海を黒く染めたる」
（1853年、ペリー提督の黒船来航）

第五章「千と三百十の後、世の全てが二分され、略奪と憎悪の炎が上がる。そして、それは二度起こる」
（1914年、二度の世界大戦）

第六章「千と三百四十一の後、覇者の国、天より黒き雨を降らせる。日出づる国で、それは二度起こる」
（1945年、アメリカ、広島と長崎に原爆投下）

第七章「千と三百八十七の後、世の全てが二分されたことの終わり。覇者の国、赤き落日の光を見る」
（1991年、冷戦の終結とソ連の崩壊）

第八章「千と三百九十七の後、それは瞬く間に分かれ、雷となり、二体の龍を倒す。その雷は百七十と五、そして十と一」
（2001年、アメリカ同時多発テロ）

サンシャイン60の地下五階にある研究施設で誰かが書き写したと見られる古文書の写しと新たな古文書を発見した。古文書の写しを放射性炭素年代測定にかけると約130年前の材質であることが判明。また書き写した筆跡と使用インクの成分がアーネスト・フェノロサが日本に残した手紙と一致した。そして、新たな古文書に書かれていたのは・・・。

第九章「千と四百十一の後、覇者の国の星が消える」

古文書と十七条の憲法の原文とは筆跡が完全に一致した。次々に発見された古文書は聖徳太子が書き残したと伝えられている『未来記』と呼ばれる予言の書か？

シカゴでアメリカ大統領が狙撃され、死亡・・・。

第四話「未来記の真実」

青木ヶ原樹海で謎の死を遂げたロジャー・ウイリアムスのアタッシュケースから『未来記』の切れ端を発見した。

「幻の大地、栄華が再び現る」

青木ヶ原樹海の廃寺で聖徳太子由来の地球儀の中に隠されていた『未来記』の最後の一文が警視総監・東儀秀継により明らかにされた。

「六度目の終わり来たる」

ロジャーのアタッシュケースから発見された断片とつなぎ合わせると『未来記』の最終章が明らかになった。これにより『未来記』の全文が解明した。

第十章「幻の大地、栄華が再び現る。そののち、六度目の終わり来たる」